Một năm sau khi tiêu diệt Copy X, Zero đi theo đường của mình, bỏ lại sau lưng Ceil cùng Reploids lúc này đang xây dựng căn cứ mới dưới quyền Elpizo. Zero vẫn tiếp tục chiến đấu chống lại Neo Acarida, nhưng những trận chiến đã chẳng còn ý nghĩa gì nữa, anh biết chỉ ở bên cạnh Ceil cùng tiêu diệt Neo Acardia mới là con đường đúng. Gục ngã trong sa mạc, cơ thể bị tàn phá,…Zero trong vô thức chuyển đến căn cứ kháng chiến nơi Ceil đang làm việc. Tại đây, Zero gặp Elpizo, ngườI giao cho anh những nhiệm vụ nguy hiểm thực hiện toan tính bí mật của Elpizo.