Megaman Battle Network 5 đánh dấu sự trở lại thành công của hãng CAPCOM trong seri Megaman Battle Network. Sự khác biệt lớn nhất trong Megaman Battle Network 5 mà các bản trước không có đó chính là Liberation Mission. Trong nhiệm vụ này, bạn phải dùng 5 Navi có sẵn mở đường lới Boss bằng cách phá các Dark Panels và Dark Holes.Bạn có 3 lượt để Liberate 1 Panel. Nếu bạn Liberate Panel đó trong 1 lượt, bạn sẽ được mở rộng thêm đường đi.Người chơi có sẵn 3 Order Points để thực hiện các Skill đặc biệt.Trên đường, ở 1 vài Dark Panels, bạn có thể thu thập được các Item như Chip, Order Points...Ngoài ra,ở các ô Bonus Panel,bạn có thể tìm được nhiều Item có giá trị. Sau khi sử dụng cả 5 Navis, bạn sẽ hết lượt. Lúc này là lượt của Dark Loirds.Chúng có thể di chuyển lại gần bạn,đánh bạn hoặc triệu hồi quái thú từ Dark Holes. Sau khi phá hết Dark Holes, bạn có thể lại gần Boss và đánh chúng.Sau khi hoàn thành nhiệm vụ,bạn sẽ được thưởng các Chịp tùy vào kĩ năng và thừi gian bạn hoàn thành. Càng về sau, các quái thú càng khó, thậm chí còn xuất hiện vài Trap Panels. Chúng sẽ làm bạn mất 50 máu hoặc không hoạt động được trong 3 lượt. Đây chính là điểm làm hứng thú người chơi nhất.
Phần này có 2 phiên bản : team Colonel và team Protoman (Nhìn tựa là thấy khác nhau chỗ nào rồi).
